Γεννημένος στο Richmond της Καλιφόρνια το 1922, ο John και η αδερφή του Martha ήταν παιδιά των Ελλήνων μεταναστών, συγκεκριμένα του Αντώνιου και της Ιφιγένειας Παπαδάκη. O Αντώνης καταγόταν από την Μικρά Ασία ενώ μέχρι στιγμής δεν γνωρίζουμε την καταγωγή της Ιφιγένειας. Σύμφωνα με την κόρη του Janice Rosene:

«Θυμάμαι και εγώ και η αδελφή μου ότι η κατάληξη 'άκης' παράπεμπε σε κρητική καταγωγή. Όταν ρωτήσαμε τον πατέρα, μας είπε ότι δεν είχαμε συγγενείς στην Κρήτη. Ο παππούς μου γεννήθηκε στην Τουρκία, στην Μικρά Ασία ωστόσο, δεν μάθαμε ποτέ την καταγωγή της γιαγιάς μας, η οποία απεβίωσε όταν ο πατέρας ήταν μόλις 5 ετών. Μας είπαν ότι ο παππούς ήταν ο μικρότερος από τα 13 αδέλφια του. Όλοι περίμεναν ότι θα ακολουθούσε την ιερατική, όπως και τα υπόλοιπα αδέλφια του τα οποία άλλαζαν το επώνυμό τους χρησιμοποιώντας το 'παπά' μαζί με το βαφτιστικό τους όνομα. Για παράδειγμα ο αδελφός του ο Γεώργιος χρησιμοποίησε το επώνυμο Παπαγεωργίου. Όμως ο παππούς δεν ήθελε να ακολουθήσει τον ίδιο δρόμο με τα αδέλφια του και έτσι πήρε το επώνυμο Παπαδάκης. Δεν γνωρίζω αν όλα αυτά είναι αληθή ωστόσο αυτά μας είπαν».

Ο John φοίτησε στο κολλέγιο του Σαν Φρανσίσκο και ήταν κατά την διάρκεια των σπουδών του όταν το Pearl Harbor δέχτηκε επίθεση το 1941. Ο John προσφέρθηκε αμέσως εθελοντικά και έγινε δεκτός στο πρόγραμμα εκπαίδευσης πιλότων του Ναυτικού των ΗΠΑ. Έτσι ξεκίνησε η δια βίου αγάπη του για την αεροπορία. Από το αρχείο του γνωρίζουμε ότι εκτός από τα αγγλικά μιλούσε και ελληνικά, ισπανικά και γαλλικά. Κατατάχθηκε ως Δόκιμος Αεροπόρος κατηγορίας V-5 στο Κέντρο Επιλογής Δοκίμων Αεροπόρων του Ναυτικού (NACSB - Naval Aviation Cadet Selection Board) στις 9 Οκτωβρίου 1942. Στη συνέχεια στάλθηκε στο Σχολείο Προ-Πτήσεως Εκπαίδευσης του Ναυτικού των ΗΠΑ στο Κολέγιο St. Mary της Καλιφόρνια στις 6 Μαΐου 1943. Έλαβε την Αρχική Πτητική Εκπαίδευση  στον Αεροναύσταθμο NAS Pasco της Ουάσιγκτον στις 29 Ιουλίου 1943 και την ολοκλήρωσε με επιτυχία στις 14 Οκτωβρίου 1943. Δύο ημέρες αργότερα έλαβε εντολές να παρουσιαστεί στον Αεροναύσταθμο NAS Corpus Christi του Τέξας για την Βασική Πτητική Εκπαίδευση στις 21 Οκτωβρίου. Προήχθη σε Σημαιοφόρο Αεροπόρο του Ναυτικού, στο Corpus Christi στις 5 Απριλίου 1944. Υπηρέτησε με την Composite Squadron VC-86, πετώντας με βομβαρδιστικά -  τορπιλοπλάνα TBM Avenger από το αεροπλανοφόρο συνοδείας USS Bismarck Sea, CVE-95, την περίοδο 1944-1945, κατά τις επιχειρήσεις στη Leyte, στο Lingayen και την Iwo Jima. Πέταξε αποστολές εναντίον εχθρικών ναυτικών μονάδων αλλά και χερσαίων εγκαταστάσεων χρησιμοποιώντας μια ποικιλία όπλων, από τορπίλες, μέχρι βόμβες 500 και 100 λιβρών, καθώς και ρουκέτες HVAR των 5 ιντσών. Πολύ ενδιαφέρον είναι το γεγονός ότι γνωρίζονταν πολύ καλά και είχε φιλικές σχέσεις με τον έτερο Ελληνοαμερικανό πιλότο της VC-86, Vasilios Giftos, που πετούσε με τα FM-2 Wildcats της Μοίρας (https://www.greeks-in-foreign-cockpits.com/pilots-crews/fighter-pilots/vasileios-giftos/). Η κόρη του John, Janice μας έγραψε:

«Ο άλλος Έλληνας πάνω στο πλοίο ήταν ο Bill Giftos. O πατέρας μιλούσε πάντα με εκτίμηση γι' αυτόν και τον έβλεπε συχνά κατά τις συγκεντρώσεις των βετεράνων που υπηρέτησαν μαζί στο πλοίο».

Στις 21 Φεβρουαρίου 1945, κατά τη διάρκεια των επιχειρήσεων στην Iwo Jima, USS Bismarck Sea χτυπήθηκε από kamikaze και βυθίστηκε. Οι ναύτες και οι αεροπόροι της αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν το πλοίο στα παγωμένα νερά του Ειρηνικού. Τριακόσιοι δεκαοκτώ άνδρες χάθηκαν εκείνη τη νύχτα. Δύο ημέρες αργότερα, από το πλοίο που το διέσωσε, ο John είχε την ικανοποίηση να είναι μάρτυρας της έπαρσης της σημαίας στο όρος Suribachi. Υπηρέτησε αργότερα με την Torpedo Squadron VT-75 στο USS Franklin D, Roosevelt, CVB-42 την περίοδο 1945-1946 και αργότερα σε Μοίρες της Εφεδρείας του Αμερικανικού Ναυτικού, συγκεκριμένα τις VA-62A, VS-872 και VA-876 την περίοδο 1946-1962. Έφυγε από τις τάξεις του Πολεμικού Ναυτικού το 1962 με το βαθμό του Αντιπλοίαρχου (Ι).  
 
Ο John συνέχισε την εκπαίδευσή του στο Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια στο Berkeley μετά τον πόλεμο, αποφοιτώντας από την αρχιτεκτονική σχολή το 1949. Υπήρξε περήφανος απόφοιτος και δια βίου υποστηρικτής των φοιτητών και του αθλητών που προέρχονταν από το Berkeley. Στις αρχές της καριέρας του προσλήφθηκε από την πολεοδομική υπηρεσία στο Oakland. Ήταν υπεύθυνος του σχεδιασμού και της κατασκευής αμέτρητων κτιρίων της πόλης και εμβληματικών χώρων, συμπεριλαμβανομένου του Μουσείο του Oakland της Καλιφόρνια. Το 1951 παντρεύτηκε την επίσης ελληνικής καταγωγής, Faye Gumas . Το 1958 έμειναν στην περιοχή του Richmond και αργότερα μετακόμισαν στους λόφους του Oakland, σε ένα σπίτι που σχεδίασε ο John με μεγάλο περιβάλλοντα χώρο που διαμόρφωσαν οι ίδιοι με πολύ αγάπη. Εκεί μεγάλωσαν τις δύο κόρες τους, την Jayne και την Janice. Ο John συνταξιοδοτήθηκε το 1986 και το 1987 μαζί με τη Faye μετακόμισαν στο Chico, όπου δημιούργησαν ένα νέο σπιτικό και εντάχθηκαν αρμονικά στην τοπική κοινωνία. Δυστυχώς όμως έχασε την Faye τρεις μήνες αργότερα από ανακοπή καρδιάς. Ο John ξαναβρήκε την ευτυχία στο γάμο του με την Margaret Saltus το 1993. Ο John ήταν πολύ ενεργός πολίτης του Chico. Υπηρέτησε στην Επιτροπή Χρήσης Γης στο Αεροδρόμιο Butte County και συμμετείχε σε έργα όπως ο αρχιτεκτονικός σχεδιασμός του Odyssey Winery. Ο John ήταν επίσης ενθουσιώδης υποστηρικτής του Chico Air Museum, βάζοντας αμέτρητες ώρες  πτήσης ως εκπαιδευτής, μοιραζόμενος την αγάπη του για την αεροπορία και την ιστορία της αεροπορίας. Το 1992, όταν ο John έγινε 70 ετών, αυτός και ο συνάδελφός του πιλότος, επίσης επιζών του USS Bismarck Sea, John Pfahl, ανέλαβαν την πρόκληση να πετάξουν πέρα από τον Ατλαντικό Ωκεανό με έναν μονοκινητήριο Beechcraft Bonanza. Η εναέρια διαδρομή τους περιλάμβανε πτήση από τη Σκωτία στην Ισλανδία, από την Ισλανδία στην Γροιλανδία, από την Γροιλανδία στη Νέα Σκωτία και από εκεί στις ΗΠΑ. Η πτήση μιας ζωής ολοκληρώθηκε με ένα μόνο περιστατικό: καθυστέρησαν άθελά τους μια μοίρα μαχητικών αεροσκαφών του ΝΑΤΟ, όταν προσγειώθηκαν αναγκαστικά για να ανακτήσουν μια παράπλευρη ζώνη ασφαλείας που είχε καταλήξει μυστηριωδώς έξω από την πόρτα του πιλοτηρίου. Διατήρησε το δίπλωμα πιλότου του μέχρι τα 94 του, και έγινε ένας από τους παλαιότερους ενεργούς πιλότους στις Ηνωμένες Πολιτείες. Γιόρτασε τα 90ά του γενέθλια πιλοτάροντας ένα εκπαιδευτικό αεροπλάνο του Β' Παγκοσμίου Πολέμου, ένα T-6 Texan, σε μια σύντομη πτήση γύρω από την κοιλάδα του Sacramento. Αν και ο John δεν είχε πετάξει με T-6 (SNJ Texan κατά το Αμερικανικό Ναυτικό) για 70 ολόκληρα χρόνια, θυμόταν ακόμα την εκπαίδευσή του και ολοκλήρωσε μια αργή περιστροφή πριν από την προσγείωσή του. Κατά τον ίδιο αυτή την πτήση ήταν μια από τις πιο αξιομνημόνευτες της καριέρας του. O John Papadakis απεβίωσε στις 20 Μαϊου 2021.